基于Mi-Seq高通量测序分析裸体异鳔鳅鮀微卫星组成
2014-10-09分类号:S917.4
【部门】西南大学生命科学学院 中国水产科学院长江水产研究所 农业部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站
【摘要】利用Mi-Seq高通量测序法,分析长江上游特有鱼类裸体异鳔鳅鮀(Xenophysogobio nudicorpa)的基因组微卫星序列,观察其微卫星的组成及其特征。结果显示:在所测得的2到5碱基微卫星重复单元中,两碱基重复所占比例最多(83.15%),其中又以AC/TG类型为主。AAT和ATC是三碱基重复单元出现频率最多的,比例分别为56.01%和13.46%,高于其他六种类型的总和。四碱基重复单元占所有微卫星序列比例的2.73%,AAAG、AAAT和AGAT三种类型出现的次数最多。五碱基重复单元中,只发现3种重复序列,并且重复次数仅在1~2次内。使用引物设计软件Primer Premier V...
【关键词】高通量测序 碱基重复单元 微卫星序列 裸体异鳔鳅鮀(Xenophysogobio nudicorpa)
【基金】中国长江三峡集团公司资助项目(No.0799527)
【所属期刊栏目】淡水渔业
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