利用高通量测序分析青藏高原地区青杨的SSR和SNP特征
2015-02-15分类号：S792.113
【部门】中国科学院高原生物适应与进化重点实验室 中国科学院西北高原生物研究所 中国科学院大学 西南大学生命科学学院
【摘要】利用Illumina Hi SeqTM2000平台对采自青海玉树的青杨进行高通量测序,SSR分析共获得7 067条SSR序列,复合型SSR共525条,发生频率0.149,平均跨度4 531.87 bp。SSR重复类型中,单核苷酸重复类型最多(33.96%);三核苷酸重复类型次之(31.00%);二核苷酸重复类型位居第三(27.69%);四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸重复类型SSR含量很少(<8%)。二核苷酸重复类型中,AG重复类型所占比例最高,GA次之,CT、TC则紧随其后;三核苷酸重复类型中,AAG重复类型所占比例最高,GAA次之,TTC、AGA、GAG、CAG、TCT、TGG等重复类型数量相...
【关键词】青杨 青藏高原 高通量测序 微卫星 单核苷酸多态性
【基金】国家自然科学基金(31270270); 青海省国际科技合作项目(2014-HZ-812)
【所属期刊栏目】林业科学研究
文献传递
