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枣转录组序列的微卫星特征分析

2015-05-29分类号:S665.1

【作者】魏琦琦  林青  贾宝光  吴炼  李承想  张琳  
【部门】中南林业科技大学经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室  中南林业科技大学林学院  
【摘要】运用Illumina测序平台的RNA-seq技术对中秋酥脆枣的花、果实和枣吊进行了转录组测序,并对测序获得的Unigene进行微卫星特征分析。经序列组装和拼接,共获得34 587个Unigene,运用Misa软件分析发现12 624个微卫星。在所得转录组序列的单碱基至五碱基微卫星中,以单碱基微卫星最多(6 314个,50.02%),并以A/T(6 217个,98.46%)为主要重复单元;二碱基微卫星(3 335个,26.42%)次之,其中以AG/CT(2532个,75.92%)类型最多;再次是三碱基微卫星(2 871个,22.74%);最后是四碱基和五碱基微卫星,二者仅占所有微卫星信息的0.8...
【关键词】枣  转录组测序  RNA测序  微卫星特征
【基金】国家“十二五”农村领域科技计划课题(2013BAD14B03)
【所属期刊栏目】中南林业科技大学学报
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