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茶树表达序列标签中的微卫星特征分析

2015-07-10分类号:S571.1

【作者】钱春仙  高俊  刘林  杨静  李成云  
【部门】农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室/农业生物多样性生物技术国家工程研究中心/云南农业大学植物保护学院  
【摘要】从NCBI数据库中下载到50776条茶树表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,利用Tandem Repeats Finder程序,对≧24 bp的微卫星(简单重复序列)进行系统分析。结果表明,在所分析的茶树EST序列中,搜索到长度大于或等于24 bp,基序匹配值大于80%的微卫星序列5299个,在这些微卫星中,单核甘酸的最多,数量达3283个,占SSR总数的61.96%,其次为2核甘酸微卫星序列,共1113个,占微卫星总数的21%。4核苷酸微卫星数量最少,仅39个,占总数的0.74%,搜索到6核苷酸471个,其基序组成可分为83类,优势基序为AAAACT(...
【关键词】茶树  表达序列标签  微卫星
【基金】国家“973”项目(2012CB722900)
【所属期刊栏目】西南农业学报
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