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杜仲基因组微卫星特征及SSR标记开发

2015-06-15分类号:S567.19

【作者】吴敏  杜红岩  乌云塔娜  刘攀峰  荆腾  
【部门】中国林业科学研究院经济林研究开发中心  国家林业局杜仲工程技术研究中心  国家林业局泡桐研究开发中心  
【摘要】为全面解读杜仲的遗传背景,本研究在基因组测序(数据未公布)的基础上,通过MISA软件搜索杜仲基因组(26 947/854 758 160 bp)中的完整型(1 7核苷酸重复)及复合型SSR序列,共查找出25 694个Scaffolds含有488592个SSR位点,占总Scaffolds的95.3%。从SSR位点分布密度上讲,平均每1 749 bp出现1个微卫星,其中单核苷酸重复单元的SSR含量最多,约占总数的54.34%,其次为二核苷酸(20.47%),而复合模式、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸和七核苷酸重复分别占20.29%、23.89%、0.77%、0.13%、0.10%和0.01...
【关键词】杜仲  基因组  SSR  标记开发  多态性
【基金】国家林业公益性行业科研专项:杜仲育种群体建立与综合利用技术研究(201004029)
【所属期刊栏目】林业科学研究
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