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基于基因组数据库的杂草稻叶绿体分子标记开发

2014-11-26分类号:S451

【作者】朱国忠  戴伟民  陈晓锋  张晶旭  强胜  
【部门】南京农业大学杂草研究室/江苏省杂草防治技术工程技术研究中心  
【摘要】[目的]杂草稻的起源与演化是一个未澄清的热点问题,分子标记技术是最重要的研究手段之一。由于已经应用的分子标记数量有限,与栽培水稻缺乏特异性,因此探索新的分子标记仍然十分必要。[方法]使用网络基因组数据库中13份栽培水稻和野生稻叶绿体全基因组序列进行比对和分析,针对其中的高频变异区域设计标记引物,进而对60份杂草稻样品的标记区域测序并进行多态性验证。[结果]13份样品叶绿体全基因组中存在1020个单核苷酸多态性(SNP)位点,111个插入/缺失(InDel)位点,表现出丰富的遗传变异;选定其中3个高频变异区域,分别针对trnG-trnfM基因间区、psbM-trnC基因间区和trnT-trnL基...
【关键词】杂草稻  基因组数据库  叶绿体基因  分子标记
【基金】国家转基因生物新品种培育重大专项(2014ZX08011); 教育部高等学校博士点基金优先发展领域课题(20130097130006)
【所属期刊栏目】南京农业大学学报
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