利用RNA-Seq鉴定甘蓝型油菜叶片干旱胁迫应答基因
2015-02-11分类号：S565.4
【部门】西南大学农学与生物科技学院
【摘要】【目的】利用RNA Sequencing(RNA-Seq)技术比较2种不同生长条件下甘蓝型油菜苗期叶片转录组,鉴定油菜叶片干旱胁迫应答相关基因,从转录组水平揭示油菜适应干旱胁迫环境的分子机制。【方法】提取正常生长(ZY)和自然失水处理(ZY8D)的六叶期甘蓝型油菜中油821的叶片总RNA,以Illumina Hiseq 2000平台进行RNA-Seq分析。利用NGSQCTookit v2.3.3去除低质量和包含模糊碱基的reads。以甘蓝型油菜亲本物种白菜染色体v1.5和甘蓝Scaffold v1.0为参考序列,采用Top Hat2-Cufflinks-Cuffmerge-Cuffdiff标准...
【关键词】甘蓝型油菜 干旱 叶片 差异表达基因 RNA测序
【基金】国家“863”计划(2013AA102602); 重庆市自然科学基金(cstc2011jj A80026); 重庆市良种创新工程项目(cstc2012gg B80008); 西南大学博士基金(SWU110015)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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