全基因组关联分析鉴别白色杜洛克×二花脸F_2资源家系中猪阴囊疝易感基因位点的鉴定
2014-07-17分类号：S858.28
【部门】江西农业大学动物生物技术国家重点实验室培育基地 福建农业职业技术学院
【摘要】【目的】通过基于单倍型的病例-对照全基因组关联分析(GWAS)鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中影响猪阴囊疝的易感位点及位置功能候选基因,并在远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行重复验证。【方法】利用Illumina porcine 60K SNP芯片对1 020头白色杜洛克×二花脸F2资源家系阴囊疝群体(包含19个阴囊疝患病个体)进行扫描获取基因型。通过Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制;剔除个体基因型检出率<90%的个体,剔除SNP位点检出率<90%、哈迪温伯格平衡卡方检验P≤10-3和最小等位基因频率<0.05及性染色体上和无法定位的SNP位点。质控合格...
【关键词】猪 全基因组关联分析 传递不平衡分析 阴囊疝 易感基因
【基金】国家自然科学基金(31071089); 教育部新世纪优秀人才计划(教技函[2012]80); 国家科技支撑计划(2011BAD28B01); 江西省青年科学家培养计划; 福建省教育厅科技项目(JB12380)
【所属期刊栏目】中国农业科学
文献传递
