毛竹小RNA高通量测序及病毒分析
2014-06-15分类号:S763.7
【部门】中国林业科学研究院林业研究所 林木遗传育种国家重点实验室 中国林业科学研究院热带林业研究所 NERC /Centre for Ecology and Hydrology (CEH)
【摘要】以毛竹叶片为材料,采用小RNA高通量测序结合生物信息学对小RNA数据库进行组装,进一步分析了毛竹中存在的病毒和类病毒,并采用RT-PCR和RACE进行验证。结果表明:在竹子样品中存在水稻东格鲁病毒(RTBV),覆盖率达到91.0%。在毛竹样品中扩增得到1 992 bp RTBV病毒类似序列,占其基因组的24.9%。RTBV病毒在多个毛竹样品中存在且不存在多态性。RTBV病毒可能是一个古老的植物病毒,在进化过程中禾本科植物将其序列整合到基因组中来防御RTBV病毒的浸染。
【关键词】毛竹 高通量测序 小RNA RTBV病毒
【基金】国家自然科学基金海外及港澳台基金“利用小RNA组研究竹子中的抗病毒免疫及其与竹子开花的关系”(201131028004)
【所属期刊栏目】林业科学研究
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