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核桃BES-SSR的开发及在遗传多样性分析中的应用

2014-11-15分类号:S664.1

【作者】陈凌娜  马庆国  张俊佩  周贝贝  裴东  
【部门】北京林业大学生物科学与技术学院  中国林业科学研究院林业研究所  林木遗传育种国家重点实验室  
【摘要】从NCBI数据库全部已知核桃Mbo I基因组BAC文库克隆中下载22 740条末端序列(BAC end sequences,BES)。应用MISA软件搜索获得SSR位点4 732个,平均每2.8 kb出现1个SSR。在含有单个SSR的BES中,1~3个核苷酸重复的类型占SSR总数的96.86%,A/T、AT/AT、ATT/AAT分别为最丰富的单核苷酸、2核苷酸和3核苷酸重复。选择不同类型和重复次数的SSR设计合成50对引物,从中筛选出多态性引物33对,其中19对引物扩增出1或2个等位基因,无非特异扩增产物。应用这19对引物对20份核桃属不同种的基因型进行SSR分析,结果表明,每对引物检测到2~...
【关键词】核桃  BAC末端序列  SSR  遗传多样性
【基金】国家自然科学基金项目(31171933)
【所属期刊栏目】北京林业大学学报
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