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辣椒WRKY转录因子的鉴别及进化分析

2014-12-28分类号:S641.3

【作者】刁卫平  王述彬  刘金兵  潘宝贵  郭广君  戈伟  
【部门】江苏省农业科学院蔬菜研究所  
【摘要】为了深入了解WRKY转录因子调节植物生长发育的过程,以辣椒全基因组和辣椒疫病转录组测序数据为材料,利用生物信息学方法分析辣椒WRKY转录因子的数目、种类、系统发生学和保守基序特征。结果表明,辣椒基因组中至少存在40个WRKY基因,包含1~2个WRKY保守结构域,根据WRKY结构域的数量及锌指结构的特征可将其分为Ⅰ、Ⅱ(a)、Ⅱ(b)、Ⅱ(c)、Ⅱ(d)、Ⅱ(e)和Ⅲ类/亚类。辣椒WRKY基因的保守motif共有3个,motif长度最长为50,最短为21,辣椒WRKY编码的蛋白为151~747个氨基酸,平均氨基酸数量为378.1个。该研究对辣椒WRKY基因功能的研究及进化具有重要的意义。
【关键词】辣椒  WRKY  转录因子  生物信息学
【基金】国家高技术研究发展计划(“863”计划)项目(2012AA100103); 现代农业产业技术体系建设专项基金项目(CARS-25); 江苏省农业科技自主创新基金项目(CX(12)1004)
【所属期刊栏目】华北农学报
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