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番茄斑萎病毒属病毒非结构蛋白NSs的生物信息学分析

2014-04-28分类号:S436.412

【作者】郑宽瑜  董家红  苏晓霞  方琦  郑雪  张仲凯  
【部门】云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南省农业生物技术重点实验室和农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室  
【摘要】番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒编码的非结构蛋白NSs,可能在病毒复制、转录、抑制RNA沉默中起重要作用,本文利用生物信息方法对21个Tospovirus病毒成员的NSs序列进行分析,为进一步研究NSs的功能提供参考信息。从GenBank数据库中下载NSs基因序列,用DNAMAN5.0做NSs相似性矩阵分析,发现一些Tospovirus病毒成员之间的NSs氨基酸序列相似性很低,最低仅为7.1%;用ClustalX2.1进行NSs的氨基酸多序列比对分析,发现Tospovirus病毒成员的NSs相对保守区主要位于NSs的C端的位置,高度保守的氨基酸位点共有9个;PROSITE对NSs进行...
【关键词】番茄斑萎病毒属  非结构蛋白  NSs  生物信息学
【基金】“973”计划前期研究专项(2010CB134501); 国家自然科学基金(31060237)
【所属期刊栏目】西南农业学报
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