【摘要】建立实施基本药物制度是我国新医改的重点内容之一。基层医疗机构全面实施基本药物制度后,原有的运行效率和运行模式势必会受到影响。本文选取镇江市丹徒区13家基层医疗机构2009-2013年医疗数据为样本,运用DEA-Malmquist指数模型对其运行效率变化状况进行分析,随后运用面板数据模型对影响运行效率的主要因素进行分析。结果表明:基本药物制度实施以后,短期内基层医疗机构运行效率总体呈下降趋势,但随着时间的推移,运行效率提高的机构将不断增多;并得到医务人员数量和固定资产规模是影响基层医疗机构运行效率的主要因素的基本结论。