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pep_pattern.pl;搜索蛋白质序列模体的Perl脚本

2014-06-11分类号:Q75

【作者】李旭凯  彭良才  王令强  
【部门】华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室  华中农业大学生物质与生物能源中心  华中农业大学植物科学技术学院  
【摘要】用Perl语言编写了一个pep_pattern.pl脚本,可从一组相关序列中搜索非常相似的序列片段,通过匹配所有可能的氨基酸片段的排列,统计每个匹配模体在序列中的出现频率和位置,搜索蛋白质序列中的2~4个多肽的模体。
【关键词】pep_pattern.pl  Perl脚本  蛋白质序列  模体  排列
【基金】国家自然科学基金项目(30900890,31171524); 全国博士后基金项目(20070420917); 湖北省自然科学基金项目(2009CDB324); 中央高校基本科研业务费专项(2011PY047)
【所属期刊栏目】华中农业大学学报
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