马氏珠母贝转录组数据的重新组装
2014-12-15分类号:S917.4
【部门】海南大学海洋学院 热带生物资源教育部重点实验室 海南省热带水生生物技术重点实验室
【摘要】对本实验室和其他学者已经发表的马氏珠母贝外套膜和珍珠囊的454焦磷酸测序转录组数据以及NCBI中的EST数据进行了重组装、同源序列比对和GO注释分析。重组装获得了30266个contig,平均长度522 bp,其中最长的contig为4144 bp;NR数据库BLAST分析获取了2310个相似性contig(E≤10?5),其中1902个在模式动物(人、小鼠、海胆、线虫、斑马鱼、果蝇或者太平洋牡蛎和珠母贝)中可以查找到同源序列。基因注释(GO)结果表明,注释到生物学过程的3846个contig可分为23个亚类,其中代谢过程蛋白、细胞过程蛋白和生物学调控蛋白为contig数量最多的3个亚类;注释...
【关键词】马氏珠母贝 外套膜 珍珠囊 转录组 454焦磷酸测序
【基金】国家自然科学基金(41366003); 国家重点基础研究发展计划(973计划)(2010CB126405)共同资助
【所属期刊栏目】渔业科学进展
文献传递