苹果LysM基因家族的生物信息学及表达分析
2014-07-02分类号:S661.1
【部门】中国农业科学院果树研究所/农业部园艺作物种质资源利用重点实验室/国家苹果育种中心
【摘要】【目的】在苹果全基因组中鉴定LysM,通过基因聚类分析、染色体定位、结构分析以及组织表达分析,为苹果LysM的功能研究和利用奠定基础。【方法】利用已公布的苹果基因组数据库GDR和FEM-IASMA,鉴定苹果LysM基因家族成员,并对其进行编号。MdLysM蛋白氨基酸序列的基本信息通过ExPASy Proteomics Server进行预测,亚细胞定位的预测利用WoLF PSORT进行。采用MEGA5软件构建了进化树。应用Plaza程序绘制基因结构,染色体定位信息取自GMDO,鉴定出的39个基因的染色体定位作图使用MapInspector完成;另外,通过实时荧光定量RT-PCR对各基因的组织表达...
【关键词】苹果 LysM基因家族 系统发育分析 表达分析
【基金】国家自然科学基金(31201602); 农业部现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-28); 国家科技支撑计划(2013BAD02B01)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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