基于基因组的绒毛状烟草和林烟草microRNA及其靶基因分析
2014-05-16分类号：S572
【部门】中国农业科学院烟草研究所/烟草行业烟草基因资源利用重点实验室 中国农业科学院研究生院 华中农业大学园艺林学学院
【摘要】【目的】填补绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis)和林烟草(Nicotiana sylvestris)在miRNA相关领域的研究空白,揭示普通烟草(Nicotiana tabacum)的生长发育调控机理。【方法】在绒毛状烟草和林烟草全基因组中预测并分析miRNA及其靶基因,通过同源比对及miRNA前体二级结构特征进行预测:参考序列在绒毛状烟草和林烟草基因组的比对中,允许最多1—2个错配;miRNA二级结构为经典茎环结构,其中MEF最大值为-25,MEFI最小值为0.85,预测的miRNA与已知的同一家族的miRNA位于发夹结构的同一条臂上;去除E值小于等于1e-6的编...
【关键词】绒毛状烟草 林烟草 miRNA 生物信息学 基因组
【基金】国家“863”计划项目(2012AA021801)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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