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高粱SAMDC基因的电子克隆与生物信息学分析

2014-04-28分类号:S514

【作者】郝爱平  王婷婷  
【部门】牡丹江师范学院生命科学与技术学院  
【摘要】以小麦S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(SAMDC)cDNA序列为信息探针,基于高粱EST数据库,通过电子克隆技术获得一个全长为2088 bp的高粱SAMDC基因。采用生物信息学方法对其开放读码框、理化性质、二级结构、结构域等进行分析。结果表明:此contig片段包含一个长达1197 bp的完整开放读码框,编码398个氨基酸,分子量为43 246.0 KD,理论等电点为4.88;二级结构主要构件为无规则卷曲,结构功能域属于S-腺苷甲硫氨酸超家族。同源性分析表明,高粱SAMDC基因编码的蛋白与甘蔗SAMDC基因编码的蛋白同源性达94%。以上研究结果为进一步克隆该基因及功能验证奠定了基础。
【关键词】电子克隆  高粱  SAMDC基因  生物信息学
【基金】牡丹江师范学院青年学术骨干项目(G201210)
【所属期刊栏目】西南农业学报
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