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水稻航天诱变突变体全基因组测序研究

2014-04-28分类号:S511

【作者】张志勇  蒲志刚  王平  向跃武  蔡平钟  张志雄  
【部门】四川省农业科学院生物技术核技术研究所  
【摘要】将航天诱变突变体和野生型水稻材料进行全基因组测定,以已经完成全基因组测定的籼型水稻9311基因组序列为对照,利用SOAPsnp、SOAPindel和SOAPsv软件对序列进行SNP、InDel和SV等分析。结果发现野生型中出现SNPs 348966个,插入缺失片段(1~5 bp)62 298个,结构变异9962个;突变体材料中出现SNPs 452173个,插入缺失片段(1~5 bp)66 977个,结构变异10336个。分析表明航天诱变因子对水稻基因组的诱变作用基本上平均分布,它与各对染色体的大小呈正相关。突变体中发生的诱变类型是SNPs>InDel>SV,表明航天诱变因子对水稻基因组中单碱基...
【关键词】突变体  野生型  全基因组测定  SNP  InDel  SV
【基金】水稻航天生物育种关键技术新品种选育研究
【所属期刊栏目】西南农业学报
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