玉米大斑病菌MAPK超家族的全基因组鉴定及途径模型建立
2014-05-01分类号:S435.131.4
【部门】河北农业大学真菌毒素与植物分子病理学实验室 河北省农林科学院植物保护研究所 唐山师范学院生命科学系
【摘要】【目的】从全基因组水平鉴定玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)的MAPK超家族基因,并对其进行系统进化、基因结构、多重序列比对及保守位点分析,构建玉米大斑病菌中的MAPK级联途径模型,为深入研究该植物病原菌中MAPK级联途径的功能奠定基础。【方法】利用玉米大斑病菌基因组数据库,通过基于隐马尔科夫模型的HMMER 3.0软件搜索基因组,鉴定并获得MAPK超家族成员序列、基因组定位信息;采用MEGA 5.0软件进行系统进化分析;通过GSDS工具进行基因结构分析;利用ClustalX、MEME工具分析MAPK蛋白激酶区的保守性及保守位点。【结果】在玉米大斑病菌基因组中发现了4个M...
【关键词】玉米大斑病菌 MAPK基因超家族 系统进化 保守基序
【基金】国家自然科学基金项目(31171805,31271997,31371897); 河北省自然科学基金项目(C2012204033,C2013204061)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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