【摘要】随着高等教育事业的蓬勃发展和国家科研投入的不断加大,高校科研经费管理已成为高校重要的课题之一。文章基于委托代理理论和高校治理理论,从预算管理、内部控制体系以及资产管理三方面对我国高校科研经费管理现阶段存在的问题及原因进行分析,并从完善高校科研经费监管体系的视角提出落实承担法人责任制、探索信息公开引入声誉机制以及完善高校内部治理等措施,为科研主管部门和课题承担单位协同管理好科研经费提供了借鉴思路。