【摘要】科研项目公共预算支出进行绩效评价具有两方面的作用:一是评价财务管理是否合规合理;二是评价资金配置与科研成果产出之间是否合理。从本质上来说科研项目公共预算支出因项目性质而不同,在设计具体的绩效评价指标时应考虑这种不同性而有针对性地设计绩效评价指标。从目前所设计的指标来看是比较笼统的,甚至出现一些指标在某些科研项目的预算支出绩效评价中根本不适合使用的情况。应建立多元化的绩效评价指标体系和评价方法,合理考虑业务指标和财务指标的分配比例,重视绩效评价工作中专家的选择和方法的采用。