【摘要】文章从"营改增"后人们关注的高校横向课题税负降低问题入手,首先提出仅在流转税层次上评价税负的方法存在欠缺,必须考虑到高校横向科研所承担的整体税负。接着,阐明本次税改对高校横向科研的影响远远超出了降低税负这一初衷,有着促成高校科研理性和长效性发展的功效。随后从"营改增"已映射出的高校横向科研管理亟待改进的诸多问题出发,站在税改新形势下逐一分析。最后,分别从合理选定纳税人类别,进行全方位科研税务筹划;合理分配科研收入,细化科研开支管理;与税改并进,完善科研财务核算体制三方面找到促成高校横向科研理性发展的途径。