【摘要】政府在生态补偿中的财政投入绩效评估是政府财政绩效评估的重要方面,本文基于Malmquist-DEA法对我国南水北调中线工程所经省市的生态补偿资金财政绩效进行了评估。研究发现,政府在生态补偿中不应该一味强调扩大财政资金的投入规模,还应该注重财政资金的效率,否则容易造成生态补偿投入规模太大反而失去效率。在政府生态补偿资金运用中,科学技术的边际效用出现递减现象,这一问题的出现可能与我国环保法制的执行力度有关,值得政府部门警觉。