基于Illumina高通量测序的泡桐转录组研究
2013-06-15分类号:S792.43
【部门】河南农业大学泡桐研究所 河南农业大学林学院 郑州市农林科学研究所
【摘要】利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据denovo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。结果表明,N50值为2278bp、平均长度为1410bp的泡桐unigene共有188019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120808条和85880条unigene与其他物种的基因具有同源性。利用COG数据库可将有关的41914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43553个unigene参与215种代谢通路。找到与木质素合成相关的泡桐unigene。
【关键词】泡桐 转录组 Illumina高通量测序 从头组装
【基金】国家自然科学基金项目(30271082,30571496); 高等学校博士学科点专项科研基金项目(20050466003); 河南省杰出人才计划项目(122101110700)
【所属期刊栏目】林业科学
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