蜡梅转录组EST-SSR标记开发与引物筛选
2013-12-15分类号:S685.99
【部门】华中农业大学园艺植物生物学教育部重点实验室
【摘要】从蜡梅转录组数据库组装的83 257个Unigene中分析得到11 868个1~6核苷酸重复的EST-SSR候选位点。在所有序列中,10 284个序列存在EST-SSR位点,SSR的发生频率为12.35%,转录组序列中平均每5 kb长度就有1个SSR位点分布,1 370个Unigene含有2个以上的SSR位点,634个位点以复合的重复形式出现。其中2核苷酸重复和3核苷酸数量最多,分别占总数的44.81%和26.20%。重复基元类型共206种,其中最多的类型为2核苷酸重复AGCT,占总数的39.85%,其次为3核苷酸重复AAGCTT,占总数的11.54%。针对所有EST-SSR位点共过滤出7...
【关键词】蜡梅 EST-SSR 分子标记 转录组测序
【基金】国家自然科学基金项目(30972019); 中央高校基本科研业务费专项资金项目(2010PY012)
【所属期刊栏目】北京林业大学学报
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