基于公共数据库牙鲆EST-SSR的开发及特征分析
2013-05-15分类号:S917.4
【部门】东北农业大学动物科学技术学院 中国水产科学研究院北戴河中心实验站 中国水产科学研究院
【摘要】本研究对公共数据库中的15 268条牙鲆EST序列进行处理和分析。在917条EST序列中查找到SSR,出现频率为12.6%,分布密度为1/5.7 kb。优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸重复,占63.5%和24.3%,并且分别以(AC)n重复(63.9%)和(AGC)n重复(15%)最多。基序重复次数以6次为最多,占24.0%。运用所得到的EST-SSR序列设计484对引物,经牙鲆群体验证,共获得了357对有效引物,占总引物数73.8%。研究结果为牙鲆及亲缘关系较近物种的EST-SSR标记的开发提供基础,同时也为后续遗传研究提供有效的分子标记。
【关键词】牙鲆 表达序列标签 EST-SSR 引物
【基金】国家863高技术研究发展计划(2012AA10A408-05); 国家鲆鲽类产业技术体系专项(CARS-50-G2)
【所属期刊栏目】海洋渔业
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