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基于454测序的油茶DNA序列微卫星观察与分析

2013-08-15分类号:S794.4

【作者】温强  徐林初  江香梅  李江  顾胤聪  徐立安  黄敏仁  
【部门】南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室  江西省林业科学院  
【摘要】采用MISA软件挖掘比较各1/4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EST序列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息。结果显示:3个种的EST序列微卫星出现频率大小相近,普通油茶EST序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的;在所有被检索序列的二至六碱基微卫星中,均以二碱基微卫星最多(>55%),并以(AG)n类型为主,但三碱基微卫星在所有EST序列中以(AAG)n类型最多,而在普通油茶基因组序列中则以(AAT)n最多;除六碱基微卫星外,二至五碱基微卫星均表现为不同微卫星重复单元的丰度随着微卫星碱基长度增加而减少。在转录组序列中,除六碱基微卫星之外,不同微卫星单元重复数的变异与重...
【关键词】山茶属  454高通量测序  微卫星
【基金】国家自然科学基金项目(31260184); 江西省自然科学基金项目(2009GQN0047); 江西省科技支撑项目(20122BBF60125)
【所属期刊栏目】林业科学
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