棉花病原菌碳水化合物酶类注释和比较分析
2013-02-01分类号:S435.621
【部门】中国农业科学院农产品加工研究所 中国农业科学院作物科学研究所
【摘要】【目的】预测并分析可侵染棉花的病原菌基因组编码的碳水化合物酶类CAZymes,以内生菌绿色木霉和枯草芽孢杆菌为对照,通过碳水化合物酶类家族比较分析确定与病原菌侵染相关的植物细胞壁降解酶类,为细胞壁降解酶参与病原菌侵染机理的研究提供理论依据。【方法】利用已公布的可侵染棉花的7个病原菌全基因组编码蛋白序列,以内生菌绿色木霉为参照,应用BLASTP方法确定共有的核心基因集并构建系统发育树;通过BLASTP方法对基因组编码蛋白的CAZymes进行注释,统计并比较分析病原菌与内生菌CAZymes各个家族基因的差异,获得病原菌相对于内生菌发生扩增的植物细胞壁降解酶类家族;应用MEGA 4.0构建CAZym...
【关键词】棉花病原菌 碳水化合物酶类 植物细胞壁降解酶 基因家族扩增
【基金】国家“973”计划项目(2011CB100700); 国家科技基础性工作专项(SB2007FY027)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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