基于GenBank分析28S(D2/D3)、18S和ITS序列作为根结线虫条形码标记的适用性
2013-05-21分类号：S432.45
【部门】南京农业大学植物保护学院/农作物生物灾害综合治理教育部重点实验室 天津出入境检验检疫局动植物与食品检测中心
【摘要】基于GenBank中根结线虫属的核酸序列,筛选了28S(D2/D3)、18S和ITS 3个不同的序列片段,利用遗传距离法和分子系统学方法评价其各自作为根结线虫条形码标记的可行性。结果显示:28S(D2/D3)、18S及ITS的核酸序列种内平均遗传距离分别为0.004 3、0.002 7和0.024,种间平均遗传距离分别为0.074、0.036和0.156,由于属内近缘种的影响,各分子标记的种内、种间遗传距离均有一定的重叠;基于K2P模型构建的3种分子标记NJ系统发育树显示,南方根结线虫、爪哇根结线虫、花生根结线虫均混合聚类,难以区分;经统计,28S(D2/D3)、18S及ITS对根结线虫属内不...
【关键词】根结线虫属 DNA条形码 遗传距离 系统发育 物种鉴定
【基金】国家质检总局科技计划项目(2011IK176); 国家公益性行业(农业)科研专项(201103018); 国家自然科学基金项目(30900939)
【所属期刊栏目】南京农业大学学报
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