【摘要】随着高等教育管理体制改革的深化,我国大学治理也需要制度创新,在高校设立总会计师制度就是适应大学治理的发展需要提出来的。目前,总会计师制度已经在部分高校试行,但在运行中总会计师的责任和权力存在着被扭曲的问题。文章通过分析总会计师制度在运行中出现的问题和原因,提出改进措施,为总会计师制度在高校的顺利实施提供一定的参考。