【摘要】科技财政投入影响着企业的创新活动,进而促进其自主创新产出。本文基于企业自主创新投入产出作用机理和全要素生产理论,借助于DEA-Malmquist和熵权测算方法,利用山东省2000~2010年七种治理类型企业的面板数据,比较分析了国有企业与非国有企业的自主创新效率,考察了科技财政资金、政策与非政府科技资金在促进企业自主创新能力上的治理制度差异。结果表明,国有企业的资源优势形成了较强的创新活力,但在创新成果转化能力和技术进步因素上逊于非国有企业;在政府减免税科技财政政策惠及所有治理类型企业的同时,非政府科技资金对提升企业的自主创新能力比科技财政资金更有效率。