【摘要】本文选取福建省2000~2011年政府创新资金投入相关数据,采用相对比较法对福建省财政科技拨款额、政府投入R&D经费额、政府创新资金投入产出率等指标进行了纵向比较,同时将之与全国及江苏、广东两省进行横向比较,分析结果表明福建省政府创新资金投入效率不高,并深入分析了其中的原因,提出了相关政策建议。