大口黑鲈两个亚种EST数据库分析
2012-11-15分类号：S917.4
【部门】中国水产科学研究院珠江水产研究所农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室 上海海洋大学水产与生命学院
【摘要】应用新一代高通量测序技术Roche 454对大口黑鲈(Micropterus salmoides)北方亚种和佛罗里达亚种进行转录组测序并建立ESTs数据库,结果得到北方亚种ESTs序列468 671条,佛罗里达亚种ESTs序列332 322条,两亚种ESTs序列的平均长度分别为306.5bp和304.4bp。将得到的高质量序列进行拼接,大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种共得到contig序列总数分别为42 056条和35 743条,平均长度分别为612.6bp和588.2bp。将大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种的数据库合并,通过与蛋白数据库比对后,共78 938条EST序列被注释,根据Gene On...
【关键词】大口黑鲈 北方亚种 佛罗里达亚种 罗氏454测序 表达序列标签
【基金】农业部“948”项目(2010-G12); 农业部公益性行业科研专项(200903045); 国家科技支撑计划项目(2012BAD26B03)
【所属期刊栏目】上海海洋大学学报
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