草鱼Ⅰ型胶原蛋白α1基因cDNA全序列克隆、组织分布及其生物信息学分析
2012-06-15分类号：S917.4
【部门】中国水产科学研究院珠江水产研究所 农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室 上海海洋大学水产与生命学院
【摘要】利用PCR和RACE方法首次克隆了编码草鱼肌肉Ⅰ型胶原蛋白的α1基因(COL1A1)的cDNA全长序列,为5772bp,其开放阅读框为4347bp,编码1448个氨基酸。BLAST同源性分析结果显示,草鱼COL1A1基因的氨基酸序列与斑马鱼、金鱼同源性较高,分别为93.90%和93.60%,呈现出较高的保守性。系统进化树分析表明,该基因与斑马鱼、金鱼处于同一支,亲缘性最近。生物信息学分析显示,草鱼COL1A1蛋白质的相对分子质量为137.2ku,理论等电点是5.44,为α螺旋β折叠三重螺旋结构蛋白。有18段三重螺旋重复域,22段低复杂度域,17个功能域。COL1A1蛋白有33～69,1249～...
【关键词】草鱼 Ⅰ型胶原蛋白 COL1A1 组织分布 生物信息学
【基金】广东省自然科学基金自由申请项目(10151038001000004); 现代农业产业体系建设专项项目(nycytx-49); 广东省海洋渔业科技推广项目(A200901D04)
【所属期刊栏目】水产学报
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