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梅、杏、桃EST同源序列特征分析及EST-SNP发掘

2012-07-30分类号:S662.4;S662.2;S662.1

【作者】李晓颖  王玉柱  上官凌飞  宁宁  房经贵  
【部门】南京农业大学园艺学院  北京市农林科学院林业果树所  
【摘要】通过生物信息学手段,下载GenBank数据库中已公布的梅、杏、桃3个物种EST序列各4 660、15 388、82 583条,利用CAP 3软件拼接后序列分别为4 456、5 595和24 243条。经比对发现,同源序列592条,同源序列的总长度为235 576 bp,平均长度和同源性分别为437.67 bp和97.50%;进行Blast比对后发现,所有同源序列中有340个具有相应的功能注释,183个为未知功能蛋白,其余69个为没有相应序列信息的新基因;在所有同源序列中共发现8 818个SNP,总频率为每SNP26.71 bp,并以转换和颠换为主。同时,对3个物种的同源序列进行两两比较发现,S...
【关键词】梅  杏  桃  表达序列标签  单核苷酸多态性  发生频率
【基金】国家公益性行业(农业)科研专项(201003058)
【所属期刊栏目】南京农业大学学报
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