缺刻缘绿藻转录组测序及脂质代谢相关基因注释
2012-09-15分类号:S917.3
【部门】上海海洋大学水产与生命学院
【摘要】为了能深入地了解缺刻缘绿藻花生四烯酸(ArA)和脂质的代谢过程,利用Roche 454 GS FLX测序仪对该藻转录组进行高通量的焦磷酸测序。得到高质量读序(read)382 468条,占原始读序的97.14%,平均每条读序长322 bp,总大小达123 Mb。经CAP3软件拼接得到22 714条重叠群、25 621条singleton。将这些序列与公共数据库进行同源性搜索、比较、基因功能注释和分类。基于转录组中所注释的基因构建缺刻缘绿藻脂质代谢途径:脂肪酸是在叶绿体内从头合成,然后游离脂肪酸进入胞质,由内质网进行三酰甘油的合成,最后可能在油体蛋白作用下形成油滴并储在于细胞中。ArA自油酸是开...
【关键词】缺刻缘绿藻 转录组 焦磷酸测序 脂质代谢途径
【基金】国家自然科学基金(30972243;31172389); 国家海洋局海洋可再生能源专项基金项目(SHME2011SW02); 上海市教育委员会海洋生物学重点学科(J50701)
【所属期刊栏目】上海海洋大学学报
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