柿属EST-SSR引物设计及遗传多样性研究
2012-04-27分类号：S665.2
【部门】中国林业科学研究院经济林研究开发中心 中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室
【摘要】利用从NCBI上下载的9 474条EST(Expressed Sequence Tags)序列,设计并开发EST-SSR引物,用于柿属种质资源的遗传多样性研究。下载的初始序列拼接成1 390条重叠序列和4 097条无重复序列。用SSRHunter软件搜索到601条EST序列中含有540个SSR。SSR出现频率为10.96%,其中以2核苷酸为主。依据检出的SSR-ESTs序列设计SSR引物100对,对9个柿属(Diospyros L.)种质资源样品进行了PCR扩增,其中42对引物有扩增带,占设计引物的42%,其中30对引物有多态性,占可扩增引物的71.4%。同时发现引物15是美洲柿(雄)的特异引...
【关键词】柿属 EST SSR标记 遗传多样性
【基金】国家林业公益性行业科研专项(200904041)
【所属期刊栏目】中南林业科技大学学报
文献传递
