核果类果树中microRNAs的生物信息学预测及验证
2012-02-15分类号:S662
【部门】南京农业大学园艺学院
【摘要】microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用。基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs。从核果类果树的107982条ESTs和48273条GSSs中搜寻到了11条miRNAs前体序列,编码11条成熟体序列,并预测到19个靶基因,分别编码与生长发育、新陈代谢和转录调节等相关的蛋白。利用miRbase数据库进一步分析表明:11条miRNAs属于8个microRNA家族,分别来自桃和梅,其大小为20~23bp,其中6条为21bp,而且ppe-miR162a和ppe-miR16...
【关键词】microRNA 生物信息学预测 李属 核果类果树 表达序列标签 基因组勘测序列
【基金】国家自然科学基金项目(30871681); 江苏省科技基础设施建设计划(BM2008008)
【所属期刊栏目】林业科学
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