甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛EST资源的SSR信息分析
2012-12-28分类号：S531
【部门】江苏省农业科学院粮食作物研究所
【摘要】利用生物信息学方法对NCBI公共数据库的1 458条三浅裂野牵牛ESTs序列进行EST-SSRs信息特征分析。结果显示,剔除低质量的和冗余的序列后,得到总长度为334.368 kb无冗余序列868条。这些无冗余序列中有35个微卫星简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR),分布于35条EST中,出现频率为4.03%,平均分布距离为9.55 kb。在2～6核苷酸的重复类型中,二、三核苷酸SSR之和占总EST-SSR的68.57%,其中三核苷酸SSR占总SSR数量的45.71%。在所有重复单元中,所占比例最高的是AT/AT(14.29%),其次是TCT/AGA为11.43...
【关键词】三浅裂野牵牛 生物信息学 EST SSR
【基金】现代农业产业技术体系建设专项(CARS-11-C-03); 国家“863”计划(2012AA101204-1-7); 江苏省科技支撑计划(BE2011301-1); 江苏省农业科技自主创新基金(CX(11)1020)
【所属期刊栏目】华北农学报
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