【摘要】20世纪末期以来,基于科技兴国和学术立国的基本国策,中日两国先后推出一系列推进高等教育发展的"卓越工程"。本文在分析两国"卓越工程"的出台背景、战略初衷、实施过程的基础上,就两国"卓越工程"的实施主体、资助对象、资助方式等进行比较,指出两国"卓越工程"建设中存在的重效率轻公平、重应用轻基础、重研究轻教学、重发表轻转化等制约"卓越工程"良性发展的障碍因素,并在反思的基础上提出相应对策,以提高"卓越工程"的建设质量。