紫贻贝EST-SNP的筛选及多态性检测
2011-03-15分类号：S917.4
【部门】辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室 大连海洋大学生命科学与技术学院 大连海洋大学海洋工程学院
【摘要】利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用EST数据库开发紫贻贝的SNP标记,利用QualitySNP软件对紫贻贝已有的19 709条EST序列中含有4条以上同源序列的重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的963个重叠群中,筛选得到候选SNP位点4 833个,SNP的平均频率为129.1 bp,其中C/T和A/G突变较多,分别占总数的28.8%和27.4%。根据候选SNP位点设计30组引物,通过等位基因特异性PCR结合溶解曲线分析,在30个野生个体中进行基因分型验证,6组引物(20%)没有扩增产物,10组引物(33%)没有多态性,14组(47%)引物具有二等位基因多态性...
【关键词】紫贻贝 单核苷酸多态性 表达序列标签 等位基因特异性PCR 熔解曲线
【基金】辽宁省科学技术计划重大;重点项目(2008203001); 辽宁省海洋与渔业科研计划项目(200801); 国家海洋公益性行业科技专项(200805037)
【所属期刊栏目】水产学报
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