凡纳滨对虾EST微卫星标记初步筛选
2011-07-15分类号：S917.4
【部门】中国科学院南海海洋研究所中国科学院海洋生物资源可持续利用重点实验室广东应用海洋生物学重点实验室
【摘要】对161 075条凡纳滨对虾dbEST(database of"Expressed Sequence Tags")的数据进行SSR序列筛选,搜索参数为二～六核苷酸重复6次以上(包括6次),共获得含SSR的EST序列12 600条,占整个凡纳滨对虾dbEST数据库的7.8%,其中二核苷酸重复10 104条,占总EST-SSR序列的80.2%;三核苷酸重复2 036条(16.1%),四核苷酸重复336条(2.7%),五核苷酸重复35条(0.3%),六核苷酸重复89条(0.7%)。大部分发现的微卫星序列为完美型(perfect)的重复序列。在二核苷酸所获得的SSR重复单元中,AG/CT是优势重复单元...
【关键词】凡纳滨对虾 表达序列标签 微卫星 分子标记
【基金】国家“八六三”高技术研究发展计划(2010AA10A401); 广东省海洋渔业科技推广专项(A200899A02&A200901B03); 广东省/中科院省院合作项目(2009B091300088); 中国科学院知识创新工程重要方向性项目(KSCXZ-YW-N-4701)
【所属期刊栏目】水产学报
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