牡丹EST资源的SSR信息分析
2011-04-25分类号:S685.11
【部门】河南科技大学农学院 河南科技大学林学院 中国洛阳国家牡丹基因库
【摘要】首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004 bp出现1个SSR。在牡丹EST–SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复。A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%。牡丹EST–SSR基元类型的重复次数主要集中在6~30次,其基元长度主要集中在26~31 bp。
【关键词】牡丹 表达序列标签 简单重复序列 频率 特征
【基金】国家自然科学基金项目(NSFC31070620); 河南省高校科技创新人才支持计划项目(2010HASTTT002); 河南省重点科技攻关项目(092102110024); 河南省高等学校青年骨干教师资助计划(2010GGJS-072)
【所属期刊栏目】湖南农业大学学报(自然科学版)
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