苹果EST数据分析平台的构建及初步应用
2011-08-15分类号:S661.1
【部门】中国农业大学农学与生物技术学院/北京市果树逆境生理与分子生物学重点开放实验室 张家口广播电视大学 北京市海淀区植物组织培养技术实验室
【摘要】为更有效地利用苹果EST公共数据资源,方便信息交流与共享,本研究构建了苹果EST数据分析平台Malus domestica Micro-Workstation,并整合了专为苹果定制的序列延伸系统。该数据分析平台具有本地信息查询、序列简单注释和短序列延伸等功能。以所建平台为辅助工具,从已公布的324 308条苹果EST序列中预测干旱胁迫相关基因,共有1 979条EST延伸序列可能与干旱胁迫相关,其中预计下调的数量为959,上调的为1 020,共计109条干旱胁迫相关序列可能具有全长编码区;从细胞组分、分子功能和生物过程等3方面将这些延伸序列归类,为进一步克隆苹果干旱胁迫相关基因提供线索。
【关键词】苹果 EST 数据分析平台 序列延伸 干旱胁迫
【基金】国家自然科学基金资助项目(30871696); 公益性行业(农业)科研专项经费项目(201003021)
【所属期刊栏目】中国农业大学学报
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