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大丽轮枝菌(Verticillium dahliae VdLs.17)分泌组预测及分析

2011-08-01分类号:S432.44

【作者】田李  陈捷胤  陈相永  汪佳妮  戴小枫  
【部门】中国农业科学院作物科学研究所  
【摘要】【目的】预测并分析大丽轮枝菌基因组范围内的分泌蛋白,为大丽轮枝菌分泌蛋白致病机理的研究奠定基础。【方法】利用已公布的大丽轮枝菌全基因组序列,组合使用生物信息学软件SignalP、TargetP、TMHMM、Big-pi和PROSITE,预测大丽轮枝菌基因组范围内所有分泌蛋白,定义为分泌组。统计分析分泌组中蛋白N-端信号肽特点;应用碳水化合物活性酶类数据库和病原菌-寄主互作蛋白数据库对分泌组蛋白进行注释,预测分泌组中潜在果胶酶、纤维素酶和病原菌寄主互作蛋白;利用真菌激发子的保守结构域,预测分泌组中潜在的激发子蛋白集;应用BLASTP程序比较分析大丽轮枝菌和黑白轮枝菌分泌组,获得大丽轮枝菌相对于黑...
【关键词】大丽轮枝菌  分泌蛋白  信号肽  碳水化合物活性酶  激发子
【基金】国家“973”计划项目(2011CB100700); 国家科技基础性工作专项(SB2007FY027)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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