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利用GenBank中大量葡萄EST序列分离有效基因的电子表达分析平台

2011-07-01分类号:S663.1

【作者】上官凌飞  王晨  房经贵  李晓颖  王西成  宋长年  
【部门】南京农业大学园艺学院  
【摘要】【目的】充分利用GenBank上的大量葡萄EST序列,建立本地化基因电子表达分析平台,实现基因表达模式的大规模快速分析。【方法】利用生物信息学方法对GenBank上的362 193条葡萄EST序列进行本地化及后续处理,建立电子分析平台,并通过RT-PCR技术对其电子分析准确性进行验证。【结果】建立了包含叶、花等11个组织类别和GA3等5个胁迫类型的基因电子表达分析平台。通过VvAG、VvCHS、VvF3H、VvLDOX等4个葡萄基因的RT-PCR和电子表达分析结果比较发现,平台预测效率较高,在预测EST来源数较多的果实、花序、花组织的表达效果较好,而对叶等EST来源较少的组织的预测效果需结合试...
【关键词】葡萄  电子表达分析  表达序列标签(EST)  生物信息学
【基金】江苏省科技支撑计划项目(BE2010326); 中央高校基本科研业务费专项(KYJ200909)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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