基于公共数据库的西瓜EST-SSR信息分析与标记开发
2011-04-28分类号:S651
【部门】中国农业科学院郑州果树研究所
【摘要】为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8 619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1/19.1 kb。其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸(68.8%),在二核苷酸基序中以AG/TG类型为最多(46%);在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多(43%)。基序重复次数以4次(17.8%)、7次(15.3%)和11次(14.9%)为最多。长度主要分布在20~30 bp(76%)。利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设...
【关键词】西瓜 EST EST-SSR 引物
【基金】农业部作物种质资源保护项目(NB08-2130135-44); 国家科技基础条件平台项目(2005DKA21001-23)
【所属期刊栏目】华北农学报
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