番茄果实EST资源SSR信息分析
2011-08-28分类号：S641.2
【部门】沈阳农业大学生物科学技术学院 沈阳农业大学园艺学院设施园艺重点实验室 山东农业科学院蔬菜所
【摘要】表达序列标签(Expressed sequence tags,EST)中存在广泛的微卫星或简单重复序列(Simple sequence re-peats,SSR),为SSR标记的开发提供了宝贵的资源。以NCBI中与番茄(Solanum lycopersicum)果实性状相关EST序列为材料,对EST序列进行聚类去冗余、拼接等前期处理后,再进行EST-SSR搜寻及分析。结果表明:NCBI中与番茄果实性状相关的83 613条EST序列经CAP3拼接后获得18 878个UniGene,其中9 650个Contigs,9 228个Singlets。对UniGene利用MISA软件进行SSR位点搜寻,获...
【关键词】番茄 EST-SSR 果实
【基金】岗位专家课题资助项目:国家现代农业产业体系建设专项(Nycytx-35-gw23); 国家“863”计划项目(2006AA100108-3-1); 辽宁省教育厅科学技术研究项目(2008623); 沈阳农业大学博士后基金项目(62658)
【所属期刊栏目】华北农学报
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