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西洋参EST资源的SSR信息分析

2011-02-28分类号:S567.53

【作者】杨维泽  金航  赵振玲  杨美权  张金渝  
【部门】云南省农业科学院药用植物研究所  
【摘要】为了进一步利用现有的西洋参EST-SSR资源,从NCBI公共数据库中下载了4988条西洋参EST,全长为2616.042 kb。含SSR的EST序列313条,共349个SSR,平均每相隔7.5 kb出现1个SSR。SSR出现的频率和平均长度分别为7.00%和24.4 bp。在1~6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元出现频率最高,为34.09%;其次为二核苷酸重复基元和单核苷酸重复基元,分别为32.09%和21.78%。出现最多的重复基元为A/T(20.9%),其次是AT/TA(16.9%)。结果显示,西洋参的EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富、多态性较高,根据西洋参EST建立其...
【关键词】西洋参  EST  SSR信息
【基金】国家“十一五”科技支撑项目(2006BAI06A12-13); 云南省自然科学基金项目(2007C136M)
【所属期刊栏目】西南农业学报
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